묵사(墨寺)라고도 하였다. 창건 연대는 미상이며, 고려 말기에카지노 꽁머니이 중창하고 원당(願堂)으로 삼았다. 현재 확인되는 가장 오래된 기록은 1282년(카지노 꽁머니 8)에제국대장공주가 병이 나 카지노 꽁머니에 머물렀던 것인데, 이후 카지노 꽁머니 충렬왕이 자주 행차하였고, 1308년 충렬왕이 세상을 떠난 곳도 신효사이다. 충렬왕 대 제국대장공주가 병이 났을 때 카지노 꽁머니 여러 차례 머물렀고, 1285년 7월 13일에는 우란분재(盂蘭盆齋)를 열었으며, 1296년(충렬왕 22)에는 제국대장공주가 카지노 꽁머니 행차하여연등회를 열었는데, 모든 등롱을 주옥으로 치장할 정도로 화려한 행사를 열었다.
충렬왕 대 카지노 꽁머니서는 제국대장공주와 원 세조의 명복을 비는 불사도 여러 차례 개최되어 신효사가 원 세조의 원찰의 성격을 지녔던 것으로 보인다. 원 세조가 죽자 충렬왕은 1295년 정월 16일 원 세조의 명복을 비는 법회를 열었고, 1296년 정월에는 원 세조의대상(大祥)일에 신효사로 행차하여 분향하였으며, 1299년 정월에도 원 세조의 기일이 되자 충렬왕이 카지노 꽁머니 행차하였다. 1297년 안평공주 즉, 제국대장공주가 사망하자 충렬왕은 카지노 꽁머니 행차하여 공주의 명복을 빌었고, 이듬해인 1298년 안평공주의소상을 카지노 꽁머니서 열었다. 이처럼 충렬왕 대 중창 이후 신효사는 왕실에서 장례 기간 동안 불사를 여는 주요 사찰 중 하나였다.
카지노 꽁머니이 세상을 떠난 뒤 1308년충선왕은 충렬왕의 백일재를 카지노 꽁머니서 열었고,충혜왕과 충혜왕비덕녕공주의 진전(眞殿)이 카지노 꽁머니 조성되었으며,공민왕은 1350년과 1356년 아버지인충숙왕의 기일재를 카지노 꽁머니서 지냈다.
한편, 1342년(충혜왕 복위 3)에는 이 절의 등촉향도(燈燭香徒)들이 왕의 축수재(祝壽齋)를 열었는데 왕이 직접 재의 앞자리에 앉아 참여하였다. 1349년(충정왕 1)에는 이 절의 법사 수공(修公)이 불사(佛事)를 위한 계의 일종인 상주(常住)를 설치하였다. 원나라에서 출세한 고려 출신 환관인방신우(方臣祐)가 원나라 수원황태후(壽元皇太后)가 시주한금박60여정(錠)으로 만든 금자장경(金字藏經)을 카지노 꽁머니 두고 황태후를 위해 기도하였다.
1375년(우왕 9)에는우왕이 통도사에 있던 불사리를 카지노 꽁머니 안치한 뒤 불공을 드리기도 하였다. 고려 이후의 자세한 역사는 알 수 없으나 조선 전기까지는 사찰이 있었던 것으로 보이며, 그 후에 폐허가 되었다.