대일각(大一閣)·총본사(總本司)·도본사(道本司)·시교당(施敎堂) 등이 이에 속한다. 대일각은 총전교(總典敎)와 부전교(副典敎)가 상주하며 집무하는 최고기관으로 총본사에 있다.
총본사는 대일각의 명을 받아 모든 교무행정기관을 관할, 감독하는 중추적 행정기관이다. 총본사에는 전리실(典理室)·전강실(典講室)·전범실(典範室) 등 삼전실(三典室)이 있는데, 전리실에는 전리 1명과 찬리(贊理) 약간 명이 있고, 전강실에는 전강 1명과 찬강(贊講) 약간 명이 있으며, 전범실에는 전범 1명과 찬범(贊範) 약간 명이 있다.
전리실은 교당 설치, 직원 임면, 경리, 서무, 학교 설립 및 다른 부서에 속하지 않는 일을 맡다. 그리고 전강실은 성직자 배치, 교질 승진(敎秩昇進), 교리 연구, 교적 간행(敎籍刊行), 시교 업무(施敎業務)를 맡으며, 전범실은 의식 거행, 경리 감사, 교직자 감찰, 쟁송 심판(爭訟審判), 포상 및 징벌에 관한 일을 맡는다.
도본사는 총본사 밑에 있는 기관으로 규범에 정한 바에 따라 각기 관할구역을 분할 담당하고 있는데 한울메, 곧 백두산을 중심으로 동남서북의 4도로 나누어진다. 단지 남도본사의 경우에는 남일도본사(南一道本司), 남이도본사, 남삼도본사, 남사도본사, 남외도본사(南外道本司) 등 다섯 도본사로 나누어진다.
도본사도 총본사와 같이 3실로 구성되어 있는데, 전무(典務) 3명과 찬무(贊務) 약간 명이 각기 나누어 업무를 관장한다. 도본사 밑에는 각 지역에 따라 각각의 시교당이 설치되어 있다. 시교당은 도본사 혹은 총본사의 지시 아래 시교사업을 추진하는 기관이며, 전무 1명과 찬무 약간 명이 업무를 수행한다.